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La creación de Areas protegidas (AP) en la década del 70 se dio sobre espacios ocupados por pueblos indígenas. Durante 20 años no existieron demasiados conflictos entre estas áreas y los habitantes ancestrales. Pero con el ascenso del movimiento indígena en los años 90 y sus demandas territoriales, sumada a un marco de crisis general la presión sobre las AP creció. El movimiento político indígena las reclamó como parte de sus territorios. El Estado en forma reactiva, creó convenios de manejo (de uso) que permitieron una cohabitación dentro de las AP. La experiencia con el pueblo Shuar que habita la Cordillera del Cóndor, va más allá, pues sin aceptar ser parte del sistema de AP del Estado, por considerar que perdían su patrimonio, plantearon dos estrategias: Territorio Shuar protegido para la conservación, y/o Gobierno Shuar Territorial Autónomo, como parte de los gobiernos locales del país.