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El presente trabajo pretende señalar los cambios operados en la percepción de salud de las poblaciones indígenas desplazadas por razones de guerra de sus comunidades de origen hacia la ciudad de Ayacucho, Perú, en el periodo comprendido de 1980 al año 2004. A través del uso de técnicas etnográficas de investigación se procesó información proporcionada por la población desplazada en la ciudad de Ayacucho sobre la percepción de su salud individual y familiar, considerando tres momentos: la comunidad de origen; durante el desplazamiento y durante el proceso de inserción definitiva a la ciudad una vez terminada la guerra en 1993. Comprobamos que estas poblaciones andinas, indígenas y pobres vivieron históricamente en la exclusión social, sin servicios de salud en sus comunidades de origen y con alta mortalidad infantil y materna. Durante los años iniciales al desplazamiento la vulnerabilidad a la enfermedad, la desnutrición y la muerte fueron mayores. Luego se inicia un proceso de recomposición de una nueva red social que se consolida al finalizar la guerra. En ese momento se modifican favorablemente las condiciones de vida, se regularizan los documentos de identidad y se accede a los servicios y programas de salud. Sin embargo, la salud mental, diferenciada por generaciones, permanecerá ocasionando sufrimiento.